在微生态学发展的早期，学者们所说的微生态失衡就是指肠道菌群紊乱。实际上，人体微生态平衡不单单局限在肠道微生态，在人的皮肤、口腔、呼吸道等也都有微生态环境，微生态失调影响整个机体健康，但是肠道微生态系统在人体微生态系统中是最主要的。
肠道微生态失调就是：“正常的微生物群之间和正常微生物群与宿主之间的微生态平衡，在外环境影响下，由生理性组合转变为病理性组合状态。”简单说，肠道微生态失调就是肠道内菌与菌的失调，或是菌与机体的失调，或是菌和机体的统一体与外环境失调，使肠道从正常情况转为病态。

肠道微生态失衡大体可分为三度：
（１）一度失衡，只能从细菌定量检查上发现菌群组成有变化，临床上无或仅有轻微表现，为可逆性改变，去除病因后可自然恢复。
（２）二度失衡，不可逆，在临床上可有多种慢性疾病的表现，如慢性肠炎、慢性痢疾等。
（３）三度失衡，也称为菌群交替症或二重感染，肠道的原籍菌大部分被抑制，而少数菌过度繁殖，临床表现病情急且重，多发生在长期大量应用抗生素、免疫抑制剂、细胞毒性药物、激素、射线后，或患者本身患有糖尿病、恶性肿瘤、肝硬化等疾病。

肠道微生态失衡的诊断根据有哪些？
（１）病史中具有能引起肠道微生态失衡的原发性疾病。
（２）有肠道微生态失衡的临床表现，如：腹泻、腹胀、腹痛、腹部不适等症状。
（３）有肠道微生态失衡的实验室依据：①粪便镜检球/杆菌比值。②粪便菌群涂片或培养中，非正常细菌明显增多，甚至占绝对优势。③粪便细菌指纹图谱等新技术检测，明确肠道微生态改变。
导致肠道微生态失衡的原因有多方面，有关专家认为，这些原因造成的影响有些可能是一个累积的过程，也许不会立即导致人体患病，但肠道微生态失衡是导致亚健康的重要因素。因此切不能疏忽大意。